面粉中淀粉与面筋的相互作用直接影响面团流变特性，真菌淀粉酶顺利获得适度水解淀粉表面的支链淀粉，减少淀粉颗粒对面筋网络的物理束缚，使面筋形成更均匀、更具弹性的结构。对于面筋强度偏低的面粉，真菌淀粉酶可降低淀粉的黏结性，增强面团延展性，避免成型时出现断裂、回缩；对于面筋过强的面粉，其温和的酶解作用能弱化淀粉的支撑作用，降低面团韧性，使搅拌、擀压等操作更顺畅。经真菌淀粉酶处理的面团，在自动化生产线中不易出现黏设备、成型不一致等问题，加工稳定性提升25%以上，有助于实现标准化生产。

面粉中使用真菌淀粉酶的主要原因是为了改善面团的特性以及面包的品质。具体来说，真菌α-淀粉酶能够迅速水解淀粉分子链中的α-1，4葡萄糖苷键，生成大量的麦芽糖和糊精。在面团发酵时，面粉中的损伤淀粉在真菌α-淀粉酶的作用下水解成麦芽糖，麦芽糖进一步在酵母分泌的麦芽糖酶的作用下，水解成葡萄糖供酵母利用。这样有助于提高面团的发酵性能，增大面包的体积，改善面包心的质地，使其更加细腻、气孔均匀，口感良好。